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近日,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所煙草種質(zhì)資源與生物育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在多組學(xué)聯(lián)合分析軟件開發(fā)中取得新進(jìn)展,相關(guān)研究成果發(fā)表在《植物通訊(Plant Communications)》(Top 5%,?IF=9.4)。
在組學(xué)技術(shù)爆發(fā)式增長的今天,多組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析在功能基因組學(xué)、分子機(jī)理解析研究中扮演著越來越重要的角色。然而多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析的技術(shù)復(fù)雜度也隨著學(xué)科發(fā)展不斷提高,科研人員尤其是從事濕實(shí)驗(yàn)工作的科研工作者正面臨前所未有的數(shù)據(jù)分析挑戰(zhàn)。為降低多組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析涉及的軟件安裝、數(shù)據(jù)清洗、質(zhì)控、格式轉(zhuǎn)換、參數(shù)調(diào)整等技術(shù)門檻,團(tuán)隊(duì)開發(fā)了EasyOmics一站式分析軟件,憑借其“零代碼可視化分析”的核心優(yōu)勢(shì),為濕實(shí)驗(yàn)室生物學(xué)家?guī)肀銛y的解決方案。
作為首個(gè)整合多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析的桌面級(jí)應(yīng)用,EasyOmics將傳統(tǒng)需要數(shù)月學(xué)習(xí)的命令行操作轉(zhuǎn)化為直觀的圖形界面。軟件內(nèi)嵌智能參數(shù)推薦系統(tǒng),即使缺乏統(tǒng)計(jì)學(xué)背景的用戶,也能通過引導(dǎo)式操作完成復(fù)雜分析。軟件搭載八大核心模塊,包含數(shù)據(jù)質(zhì)控、遺傳力評(píng)估到GWAS分析、組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、孟德爾隨機(jī)化、數(shù)據(jù)展示等工具,完整覆蓋組學(xué)研究全流程。研究者僅需點(diǎn)擊鼠標(biāo)即可完成轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組等數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析,系統(tǒng)自動(dòng)生成可直接投稿的矢量圖。該平臺(tái)采用Docker容器化技術(shù),支持Windows、macOS和Linux系統(tǒng)秒級(jí)部署。用戶無需配置復(fù)雜環(huán)境,通過預(yù)裝鏡像即可實(shí)現(xiàn)“下載即用”,較傳統(tǒng)方法節(jié)省大量的時(shí)間。目前非商業(yè)用戶可通過Docker Hub免費(fèi)獲取,軟件安裝及使用說明書如下:https://hanyu-me.github.io/EasyOmics_tutorial/。
煙草所為該論文第一完成單位,煙草所與四川大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)碩士研究生韓雨與煙草所碩士研究生杜巧為論文共同第一作者,煙草所昝艷君研究員、蘭州大學(xué)劉建全教授為論文共同通訊作者。該研究得到國自然青年基金、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃青年科學(xué)家項(xiàng)目、山東省泰山學(xué)者人才工程、山東省海外優(yōu)秀青年科學(xué)基金、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程等項(xiàng)目的資助。